Kaplnka má pôdorys v tvare šesťuholníka. Po stranách portálu sú dve okná. Hlavnou časťou vnútorného zariadenia je oltár. Nad drevenou menzou je zavesený obraz z roku 1898, ktorého autorom je František von Meissel, pezinský lekárnik, historik, maliar, mestský kapitán, zakladateľ múzea, tútor sirôt, ktorý mal ešte veľa ďalších funkcií. V strede obrazu je postava sv. Rozálie v nike s nápisom S. ROSALIA. Po jej bokoch sú v nikách postavy ďalších morových patrónov sv. Šebastiána a sv. Rócha s príslušnými nápismi. Obraz je signovaný F. v. Meissel 1898. Do najvrchnejšej časti rámu obrazu je vsadený malý obraz Najsvätejšej Trojice. Za obrazom sa nachádza výklenok, ktorý môže potvrdzovať, že na mieste tohto obrazu bol pôvodne iný, keďže je menší ako obraz. Oltárny obraz reštauroval v roku 1998 Mgr.art. Tomáš Molnár.
Po oboch bokoch oltára sú niky. Pôvodne sa tam mali nachádzať plastiky sv. Joachima a sv. Jozefa, od roku 2002 sú tu však sošky Najsvätejšieho Srdca Ježišovho a Panny Márie Fatimskej, dar Jozefíny Glváčovej. V roku 2001 pribudli do kaplnky aj ďalšie prvky zariadenia a to ambona z Kostola Povýšenia sv. Kríža na Cajle a lavičky z Kresťanského domu. Od roku 2004 sú v kaplnke aj tri stoličky, tvoriace sedes – dar niekdajšieho Charitného domova v Pezinku.
