V Európe sa objavil mor v 11. storočí. Bol k nám dovlečený z Ázie križiackymi výpravami, ktoré sa vracali zo Svätej Zeme. Z kroník vieme, že Bratislava a jej okolie bolo postihnuté od roku 1100 do roku 1526, čiže do bitky pri Moháči asi 36 epidémiami a od roku 1542 do roku 1713 ďalšími jedenástimi. Najsilnejšia bola epidémia moru v rokoch 1709 až 1713 vo Viedni, odkiaľ bola zavlečená do Bratislavy a okolitých miest, čiže aj do Pezinka, ktorý bol veľmi postihnutý. Z týchto čias pochádza kamenné súsošie - reliéf na Korunovanie Panny Márie, umiestnené na dome na Štefánikovej ulici. Podľa kroniky ho dal zasadiť do priečelia domu na Štefánikovej 10 vtedajší majiteľ domu z vďačnosti, že to bol jediný dom v Pezinku, ktorý mor obišiel. Pezinok mal v tých dobách dosť početné obyvateľstvo, ale straty na ľudských životoch boli dozaista veľké. Zo starších správ vieme, že menšie morové epidémie zasiahli Pezinok aj skôr, v rokoch 1654, 1656,
Príčina častého objavovania sa epidémií moru v bratislavskom kraji bola tá, že sa nachádza na strategickej ceste, ktorú používali od nepamäti vojská na svojich ťaženiach smerom na východ alebo západ. Nízka morálka a nedostatočné hygienické pomery profesionálneho vojska v tých časoch skoro vždy zanechali za sebou stopy vo forme alegorických štyroch jazdcov apokalyptických: pustošenie, smrť, hlad a mor. Napokon, úzke uličky miest, ich malá čistota, biedne bytové pomery najmä chudobnej časti obyvateľstva a nedostatočná telesná hygiena všetkých, to všetko napomáhalo rýchlemu rozširovaniu nákazlivých chorôb. Objavovanie sa morových epidémií nútilo vtedajšie vládnuce vrstvy v ich vlastnom záujme zaviesť opatrenia proti šíreniu tejto nebezpečnej pliagy. Teraz, s odstupom času sa nedá presne ustáliť, aké druhy nákazlivých chorôb sa objavovali v spomenutých epidémiách, lebo pre nízky stav lekárskej vedy morom nazývali každú epidémiu aj iné choroby. Starostlivosti o postihnutých morom sa venovali predovšetkým rehoľníci. U nás v Pezinku to boli kapucíni. Tým si získali veľkú úctu aj medzi protestantským obyvateľstvom, nakoľko od postihnutých každý bočil.
Napokon, v Bratislave bola prvá nemocnica postavená v roku 1309, pretože udržovanie nemocníc bolo spojené s veľkými finančnými nákladmi. Preto si ich mohli dovoliť len väčšie a zámožnejšie mestá. Pospolitý ľud ponechali rôznym mastičkárom, ránhojičom a holičom, ktorí mimo svojho remesla trhali zuby. Zaoberali sa aj sádzaním baniek pre púšťanie žilou, čo v tých časoch bolo vo veľkej móde. Aj u nás v Pezinku bola začiatkom 18. storočia postavená mimo hradieb mestská nemocnica – špitál sv. Ducha s rovnomennou kaplnkou a pripojeným chudobincom. Stál na mieste dnešnej Základnej školy na Holubyho ulici. Preto sa aj súčasná Moyzesova ulica nazývala Špitálska. Aby malo obyvateľstvo postarané o zdravú vodu, kráľovná Mária Terézia prikázala, aby na boli na určených miestach postavené studne na pitnú vodu.
Je potrebné poznamenať už starostlivosť uhorského kráľa Karola Róberta z Anjou, ktorý vládol začiatkom 14. storočia o zdravotníctvo. Prísne totiž zakázal mäsiarom výsek bravčového mäsa nakazeného trichínou.
Po definitívnom vyhnaní Turkov z územia bývalého Uhorska v roku 1717 bola už konečne ustálená južná hranica a uzavretá tzv. vojenskou hranicou. To znamenalo, že prístup moru bol prakticky znemožnený.
Kráľovná Mária Terézia, ktorá vládla v rokoch 1740 – 1780 napomenula raz mestskú radu v Pezinku, že zanedbáva mestskú nemocnicu a chudobinec. Okrem toho z hygienických dôvodov nariadila likvidáciu cintorínov, nachádzajúcich sa vo vnútornom meste. Išlo o katolícky cintorín okolo Farského kostola Preblahoslavenej Panny Márie, Evanjelický cintorín na protiľahlej strane Štefánikovej ulice a cintorín pre obyvateľstvo bývajúce za hradbami na mieste Penziónu pre dôchodcov na Hrnčiarskej ulici. Vtedy bol zriadený aj súčasný cintorín, ktorý bol rozdelený na katolícku a evanjelickú časť. Vo vnútornom meste sa definitívne prestalo pochovávať v roku 1778.
Napriek tomu všetkému sa objavila nová choroba, tzv. ázijská cholera, ktorá sa epidemicky prejavil v rokoch 1831,
V Pezinku sa prvé príznaky cholery objavili 16. augusta. Celkove na ňu v meste ochorelo 190 osôb, z toho 156 zomrelo. Epidémia skončila 28. septembra a neušetrila ani dnešné časti Pezinka – Grinavu a Cajlu. Na Cajle v čase medzi 8. augustom a 15. septembrom 1831 ochorelo 236, z čoho 112 zomrelo. Bolo to asi 10% zo všetkého obyvateľstva obce. Na pochovanie zosnulých určili dve jamy, na hornom konci (na Cajlanskej ulici, niekoľko metrov vyššie nad križovatkou s Bottovou ulicou – na mieste Slimákovského domu) a na dolnom konci (na mieste tzv. dolného kríža). Pri výkopoch na oboch miestach boli nájdené ľudské kosti. Dolný kríž je poslednou pamiatkou na choleru na Cajle. Hovorí sa, že ho dal postaviť bohatý gazda. Tento gazda však neskôr tak schudobnel, že musel pri tom kríži žobrať. Obnovený bol v roku 1964 pezinským kamenárom pánom Vladimírom Milkom. V tom čase sa na kríži ešte nenachádzal korpus. Istá babka, ktorá blízko bývala však pánu Milkovi ukázala jedno presné miesto, kde má byť korpus podľa povesti zakopaný. Pán Milko kopal a skutočne ho našiel. Na kríži sa nachádza reliéf Panny Márie a roky postavenia a obnovy. V susednej Modre mala cholera oveľa väčší rozsah. Zo 728 postihnutých osôb zomrelo 289.
